Des hommes sont contaminés a la suite d'une explosion atomique et se transforment en une substance gélatineuse qu'il faut détruire au lance-flamme.

Tras la destrucción de un submarino empiezan a cobrar importancia las teorías del profesor mafune, un cientifico que hace 15 años dijo que todavia existía un dinosaurio vivo en el área donde se destruyo el laberinto, asi pues se intentara localizar a mafune el cual lleva años desaparecido ya que esta planeando vengarse de la tierra aliándose con unos alienigenas que pretenden conquistar el planeta.

Gorath es un meteoro errante (6000 veces más grande que nuestro planeta) que viaja inexorablemente en curso de colisión contra la Tierra, absorbiendo todo lo que se le envía. Los cientificos tendrán que evitarlo, pero la cosa es difícil ya que la solución propuesta para escapar niega todas las posibilidades de la física al apartar nuestro planeta del camino de Gorath. Tras una cumbre de científicos internacional se propone el lanzamiento de unos proyectiles desde el Polo Sur. Pero el calor provoca el derretimiento de un casquete y la liberación de Maguma, una monstruosa morsa gigante.

Godzilla debe luchar contra una criatura de lodo y polución llamada Hedora, que representa la amenaza de la contaminación sobre el planeta.